O Vale do Paraíba no século XVII era passagem de bandeirantes e tropas que se dirigiam a Ubatuba pela “Trilha dos Tamoios”. Muitos viajantes paravam, às margens do Rio Paraitinga, para descansar da viagem às Minas Gerais, trazendo cargas e ouro que seriam despachados para a Europa.

Em 5 de março de 1688, foram concedidas, nos sertões do Paraitinga, as primeiras sesmarias requeridas ao capitão-mor de Taubaté, Felipe Carneiro de Alcaçouva e Sousa, pelo Capitão Mateus Vieira da Cunha e João Sobrinho de Moraes, que desejavam povoar a região.

Em conseqüência da decadência da mineração em Minas Gerais e pela necessidade de ocupar as terras e acrescer a produção agrícola da região, o Governador da Capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Mourão, conhecido por Morgado de Mateus, autorizou a fundação de uma povoação, junto ao Rio Paraitinga e entre Taubaté e Ubatuba, tendo o centro urbano todo planejado.

A 2 de maio de 1769, a povoação recebeu o nome de São Luís e Santo Antonio do Paraitinga, tendo como padroeira Nossa Senhora dos Prazeres. E em 8 de maio, o Sargento Manuel Antonio de Carvalho foi incumbido de fundar e governar a nova povoação. O fundador era devoto de Nossa Senhora dos Prazeres, que passa a ser padroeira do povoado.

Em 31 de março de 1773, devido a um incentivo do governador geral, que estimulou o agrupamento de novos moradores na localidade, a povoação foi elevada à categoria de vila. Em 1774, o registro de habitantes é de 800 pessoas.

Os primeiros habitantes eram famílias sem bens; dessa forma, dedicaram-se à agricultura de sobrevivência. A Vila São Luís e Santo Antonio do Paraitinga estacionou na cultura de cereais por muitos anos, até dar início à plantação de café e algodão.

A região do Paraitinga também participou do período de abastança regional, o ciclo do café em 1830 modificou a economia local, propiciou a expansão e o acúmulo de riquezas dos proprietários rurais mais abastados. No entanto, os agricultores continuaram a produzir milho e feijão.

O século XIX caracterizou São Luiz do Paraitinga como “Celeiro do Vale” por ter se dedicado à agricultura de feijão, cana, milho e mandioca, enquanto o resto do estado priorizava a cultura do café. A variedade dos gêneros produzidos e a boa localização geográfica faziam da cidade um centro agitado pelas tropas, com estabelecimento de ferreiros e comerciantes que viviam em função da circulação de pessoas.

Pela lei provincial, a 30 de abril de 1857, São Luiz do Paraitinga foi elevada à categoria de cidade e, por título de 11 de junho de 1873, com a visita de Dom Pedro II, obteve a denominação de “Imperial Cidade de São Luís do Paraitinga” e o Coronel Manoel Jacinto Domingues de Castro recebe o título de Barão do Paraitinga.

A partir do século XIX, como reflexo do período produtivo e a atração de pessoas para a cidade, iniciam-se as preocupações com as obras públicas, a construção da Casa da Câmara, da Cadeia e da nova matriz; em alguns trechos, as ruas são calçadas com pedras, acontecem o desenvolvimento do loteamento urbano e a transformação das primeiras construções (os casarões dos senhores rurais foram ornamentados, devido à melhora da situação econômica).

São Luiz do Paraitinga abrigou uma das primeiras fábricas têxteis do Estado de São Paulo, a Fábrica de Tecidos Santo Antônio, com 25 teares movidos por turbina d’água e 40 operários que trabalhavam a produção algodoeira de 450 toneladas, em 1888.

Com o depauperamento do solo e a destruição da vegetação natural ocasionada pela intensa atividade agrícola, a cidade ficou reduzida às relações locais de subsistência. As novas atividades eram a fabricação de rapadura, a casa de farinha e a produção de aguardente, que sustentavam o comércio regional.

No início do século XX, o município passa contar com a pequena produção de policulturas e a pecuária leiteira, até hoje uma das principais fontes de renda do luizense.

O período áureo será relembrado a partir de 1920, na alteração dos nomes das ruas, que passam a fazer referência às famílias privilegiadas, compostas por importantes fazendeiros de café.